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Este artículo examina el efecto del conflicto armado y la presencia de cultivos ilícitos en la producción cafetera Colombiana. El incremento de la presencia de grupos armados y de cultivos ilícitos en las regiones cafeteras genera una dinámica adversa debido a que modifica las decisiones de producción de los productores de café. Este artículo utiliza el Censo Cafetero 1993/97 y el Sistema de Información Cafetera (SICA) para el 2008 con el fin de evaluar el impacto del conflicto sobre la producción cafetera. La estructura de información permite estimar la relación entre café y conflicto armado en dos momentos: i) la probabilidad de continuar en la producción; y ii) el porcentaje de la finca cultivado en café. Las estimaciones se realizaron con un modelo de selección en dos etapas. Los resultados sugieren que una intensificación de la violencia reduce la probabilidad de continuar en la producción cafetera entre 1998 y 2008 y, asimismo, el porcentaje de la finca cultivado en café. Los resultados de la presencia de cultivos ilegales no son concluyentes.